Την
πρώτη μεγάλη ανάπτυξη γνωρίζει το νησί κατά
την 3η χιλιετία π.Χ., τη λεγόμενη
πρωτοκυκλαδική περίοδο. Είναι η εποχή που
οι μικρές κλειστές αγροτικές κοινότητες
της Νάξου οργανώνονται σε πόλεις που
αναπτύσσουν παράλληλα και έντονη
επικοινωνία με τις κοντινές περιοχές χωρίς
να φοβούνται τις μεγάλες υπερπόντιες
δυνάμεις, όπως αυτές που αναπτύχθηκαν
αργότερα στο χώρο του Αιγαίου. Η κατοίκηση
στο νησί είναι συνεχής, το οποίο κατά τον 7ο
αιώνα π.Χ. εμφανίζεται με ναυτική ισχύ και
αυξημένο πληθυσμό. Μάλιστα το 734 π.Χ. δίνει το στόλο της στη φιλική
Χαλκίδα για την αποστολή αποικιών στη Δύση
και σε αντάλλαγμα εξασφαλίζει να δοθεί το
όνομα της σε μία από τις νέες πόλεις που
είχε ως οικιστή το Θεοκλή τον χαλκιδαίο (η
σικελική Νάξος). Μία πόλη που υπάρχει ακόμη
και σήμερα στη Σικελία με το ίδιο όνομα και
με την οποία έχει αδελφοποιηθεί ο σημερινός
δήμος της Νάξου. To 728 π.Χ. ξεκίνησαν
από τη Νάξο αποστολές με αρχηγό και πάλι τον
Θεοκλή για να ιδρύσουν νέες αποικίες στην
Κατάνη και στους Λεοντίνους της Σικελίας,
αποκτώντας έτσι πρόσβαση στην πεδιάδα του
ποταμού Σύμαιθου, την πλουσιότερη γη της
Σικελίας. 
Χαρακτηριστική
για τη θέση των Ναξίων αυτή την εποχή είναι
η σχεδόν απόλυτη , όπως δείχνουν τα μνημεία,
κυριαρχία και οικονομική εκμετάλλευση του
μεγάλου ιωνικού θρησκευτικού κέντρου της
Δήλου, που, όπως φαίνεται, πορίζει στη Νάξο
πολιτικά οφέλη. Η επιδεικτική αυτή ανάπτυξη
της ναξιακής κοινωνίας συνοδεύτηκε πολύ
πρώιμα από άνθηση των τεχνών. Το μάρμαρο,
ήταν άφθονο, ανέκαθεν οικείο υλικό στη Νάξο
και εξαγόταν για τα μεγάλα επιδεικτικά έργα
στη Δήλο και στα άλλα μεγάλα ελληνικά ιερά.
Το σμυρίγλι, που χρησιμοποιείται για την
τελική λείανση αυτών των έργων, είναι κι
αυτό ένα αποκλειστικά ναξιακό προϊόν (ακόμη
και σήμερα!). Η δύναμη του νησιού γύρω στο 540
π.Χ. είναι τόση ώστε ο τύραννος των
Αθηνών Πεισίστρατος βοηθάει τον ευγενή
Λύγδαμη να επιβάλει τυραννικό πολίτευμα
στο νησί. Ο νέος τύραννος άρχισε να χτίζει
στη μικρή χερσόνησο που σήμερα ονομάζεται
παλάτια ή πορτάρα ένα μεγαλόπρεπο ναό του
θεού Απόλλωνα, το οποίο όμως δεν μπόρεσε να
ολοκληρώσει, γιατί ανατράπηκε
το 524 π.Χ. πιθανόν από τους
Λακεδαιμονίους και το οποίο οι κάτοικοι δεν
ολοκλήρωσαν ποτέ ως έργο τυράννου!
Η
Νάξος θεωρείται ως τόπος γένεσης της
μεγάλης πλαστικής καθώς στο νησί αυτό έχουν
κατασκευαστεί αρκετά αγάλματα μεγάλου
μεγέθους, όπως ο κούρος στο αρχαίο λατομείο
του Απόλλωνα αφιερωμένος στον Διόνυσο ή
στον Δία ( και ο οποίος έμεινε ανολοκλήρωτος
καθώς το μάρμαρο από το οποίο φτιαχνόταν «έσπασε»),
ο κούρος που βρίσκεται στο χωριό Μέλανες
και επονομάζεται «ο ωραίος Έλληνας», ο
κούρος του Απόλλωνα που αφιέρωσαν οι
Ναξιώτες στη Δήλο κ. ά.
Κατά τα
περσικά
η περήφανη παράδοση της Νάξου κάνει το
ναύαρχο Δημόκριτο, που βρέθηκε κατ’ανάγκην
ακόλουθος του περσικού στόλου, να
αποστατήσει από τους κυρίους του και να
βρεθεί στη Σαλαμίνα με τους Αθηναίους.
Πολλοί Νάξιοι πολέμησαν στις Πλαταιές και
το όνομα του νησιού γράφτηκε στον τιμητικό
κατάλογο του τρίποδα των Δελφών και της
βάσης ενός αγάλματος στην Ολυμπία. Το 479π.Χ. η Νάξος μπαίνει αναγκαστικά στη
συμμαχία της Δήλου και μόνο κατά το 330
π.Χ. αποκτά κάποια σχετική ελευθερία από
τον κλοιό των Αθηναίων.
Στα ελληνιστικά και ρωμαϊκά χρόνια η Νάξος ακολουθεί της ευρύτερες τύχες των νησιών του Αιγαίου. Μετέχοντας «στο κοινό των νησιωτών», περνάει από την επιρροή των Πτολεμαίων της Αιγύπτου στη μακεδονική και μετά στη ροδιακή επιρροή. Το 41 π.χ. περιλαμβάνεται στη ρωμαϊκή επαρχία των νησιών με έδρα τη Ρόδο. Συχνά όμως οι Ρωμαίοι χρησιμοποιούν τη Νάξο ως τόπο εξορίας.
Κατά
την πρώιμη βυζαντινή περίοδο η Νάξος
υπαγόταν στην επαρχία των νήσων, με
πρωτεύουσα τη Ρόδο. Οι κατεσπαρμένες σε
ολόκληρο σχεδόν το νησί βυζαντινές
εκκλησίες, που ανάγονται από τον 7ο ως
τον 14ο αιώνα σε συνδυασμό με τις
γραπτές πηγές και τις εγχάρακτες επιγραφές
αποτελούν την εγκυρότερη ιστορική μαρτυρία
ότι η Νάξος δεν έπαψε να κατέχει εξέχουσα
θέση στο διοικητικό, εκκλησιαστικό,
οικονομικό και, τέλος, στο καλλιτεχνικό
επίπεδο ανάμεσα στα άλλα νησιά του νοτίου
Αιγαίου, εκτός της Κρήτης. 
Πιθανότατα,
το 1205 οι Φράγκοι καταλαμβάνουν τη Νάξο
και την επιλέγουν ως έδρα του Δουκάτου που
ιδρύουν το 1207 με
πρώτο δούκα τον Μάρκο Σανούδο. Η Πάρος, η
Αντίπαρος, η Ίος, η Κύθνος, η Σίφνος και η
Μήλος ήταν τα άλλα νησιά του Δουκάτου. Το 1566 οι Κυκλάδες, φυσικά και η Νάξος,
περιήλθαν στους Τούρκους. Πρόδρομος της
κατάκτησης του νησιού από τους Τούρκους
υπήρξε η επιδρομή του Χαϊρεντίν Βαρβαρόσσα
και η συνεχής παρουσία πειρατών, αλλά και η
καταβολή φόρων στην Πύλη, που ουσιαστικά
σήμαινε την υποταγή του. To 1566, τον
τελευταίο δούκα της Νάξου αντικατέστησε ο
Ισπανοεβραίος Ιωσήφ Νάζι στον οποίο ο
σουλτάνος Σουλεϊμάν ο Α΄ Μεγαλοπρεπής
παραχώρησε το δουκάτο. Το 1580 ο σουλτάνος Μουράτ ο Γ΄παραχώρησε
προνόμια, σύμφωνα με τα οποία υπήρχε πλήρης
ελευθερία σε ό,τι αφορούσε τη λατρεία,
μειώθηκαν ή καταργήθηκαν ορισμένες
φορολογίες και επιβλήθηκε μόνο η δεκάτη και
το κεγαλοχάρατσο, αναγνωριζόταν η
διαιτησία μεταξύ των χριστιανών,
απαγορευόταν η εγκατάσταση γενίτσαρων στα
νησιά και το σύστημα διακυβέρνησης
μεταβλήθηκε τόσο, ώστε έγινε δυνατή η
οργάνωση υποτυπώδους στην αρχή
αυτοδιοίκησης, που στο τέλος της
τουρκοκρατίας είχε εξελιχθεί σε καθεστώς
ημιαυτόνομο. Ελάχιστοι Τούρκοι, κυρίως
υπάλληλοι, εγκαταστάθηκαν στη Νάξο που
περιορίστηκαν αργότερα μόνο στον μπέη και
στον καδή, και από τις αρχές
του 18ο αιώνα, με τη δημιουργία του
θεσμού του δραγομάνου του στόλου στη Νάξο
άρχισε να αναπτύσσεται δραστηριότητα, που
βαθμιαία αλλά σταθερά οδήγησε στη βελτίωση
του βιοτικού επιπέδου. Ωστόσο τα κατάλοιπα
της Βενετοκρατίας διατηρήθηκαν μέχρι και
την ελληνική επανάσταση και μάλιστα οι
σχέσεις των 300 περίπου καθολικών με τους
ορθόδοξους ήταν ομαλές, εκτός από λίγες
περιπτώσεις. Από το 1600
περίπου και μετά χτίζονται στο νησί πάρα
πολλοί πύργοι. Οι περισσότεροι χτίζονται
από τους ίδιους τους Βενετούς για να
οχυρωθούν από τους πειρατές και να
επιβάλλουν την κυριαρχία τους στους
ντόπιους. Πύργοι-μοναστήρια έχτισαν
αργότερα και οι ντόπιοι για να υπερασπίσουν
τα δικαιώματά τους από τους Βενετούς.
Η
παρουσία των Ιησουϊτών στη Νάξο από το 1627
περίπου και των Καπουτσίνων από το 1633
είχε ως αποτέλεσμα την ίδρυση της σχολής
των μοναχών Ουρσουλινών
και την ανάπτυξη της παιδείας κυρίως
μεταξύ των Καθολικών και των Ορθοδόξων κατά
τον 19ο αιώνα.( Η λειτουργία
της σχολής αυτής συνεχίστηκε μέχρι και το
1970. ένας από τους μαθητές της ήταν και ο
Νικόλαος Καζαντζάκης! ). Η φροντίδα της
ορθόδοξης εκκλησίας για την ίδρυση
σχολείων στη Νάξο εκδηλώθηκε μετά τα μέσα
του 18ου αιώνα. Η πρώτη συστηματική
σχολή λειτούργησε μετά το 1775 και υπήρξε φυτώριο σημαντικών
λογίων ως το τέλος της Τουρκοκρατίας. Σ’αυτήν
φοίτησε ο μεσαιωνοδίφης Ιωάννης Σακελλίων,
ο πατριάρχης Αντιοχείας Μεθόδιος, ο
πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Άνθιμος Γ΄
και πολλοί άλλοι. Την ίδια περίοδο η Σμύρνη
δεχόταν μετανάστες από τη Νάξο που
ασχολήθηκαν με το εμπόριο και τη γεωργία ή
φοίτησαν στις σχολές της πόλης και
διέπρεψαν αργότερα: ο άγιος Νικόδημος ο
Αγιορείτης( Νικόδημος Καλλιβούρτσης), ο
Φραγκίσκος Κόκκινος, καθηγητής της
Πατριαρχικής Ακαδημίας και ο Μιχαήλ
Κοντοπίδης, που διετέλεσε αντιπρύτανης του
Πανεπιστημίου της Πάντοβας.
Οι
Ναξιώτες, στις παραμονές της επανάστασης
του 1821, είχαν αποδεχτεί τις φιλελεύθερες
ιδέες και προετοιμάζονταν με ενθουσιασμό
για τον απελευθερωτικό αγώνα. Ήδη ο
Ναξιώτης Ιωάννης Παπαρηγόπουλος,
διερμηνέας στο ρωσικό προξενείο της Πάτρας,
είχε μυηθεί στη φιλική εταιρεία το Μάιο του
1820 και είχε συνδεθεί με τον Δημήτριο
Υψηλάντη, ο οποίος έστειλε στη Νάξο τον
Ευάγγελο Μαντζαράκη και τον Δημήτριο
Θέμελη για να μυήσουν τους κατοίκους του
νησιού. Μολονότι οι κατάλογοι των Φιλικών
δεν περιλαμβάνουν άλλους Ναξιώτες, είναι
γνωστό από άλλες πηγές ότι 15 τουλάχιστον
αγωνιστές, μεταξύ των οποίων και ο
Μητροπολίτης Παροναξίας Ιερόθεος, έλαβαν
μέρος στον Αγώνα, τον ενίσχυσαν οικονομικά
και υπήρξαν πληρεξούσιοι του νησιού στις
εθνικές συνελεύσεις. Μετά την απελευθέρωση,
η Νάξος ορίστηκε έδρα της επαρχίας
Παροναξίας και ακολούθησε την εξέλιξη και
τις τύχες της υπόλοιπης Ελλάδας.
Κατά τον 19ο
αιώνα
η Νάξος μετατρέπεται σε σημαντικό
οικονομικό και πολιτικό κέντρο του
ελληνικού κράτους. Η εξόρυξη της σμύριδος
της Νάξου, μοναδικής στον κόσμο, και η
εξαγωγή της σε χώρες της δυτικής Ευρώπης
υπήρξε παράγων οικονομικής ακμής των
σμυριδούχων περιοχών, των οποίων οι
κάτοικοι διακρίθηκαν στα γράμματα και τις
τέχνες. Ιδιαίτερη
ανάπτυξη παρατηρήθηκε στη Νάξο την περίοδο
του μεσοπολέμου
κατά την οποία ιδρύθηκε στο νησί Γυμνάσιο,
αναπτύχθηκε η ιστιοφόρος ναυτιλία και
αυξήθηκαν τα μεταναστευτικά εμβάσματα από
Ναξιώτες εγκατεστημένους σε κράτη του
εξωτερικού, ενώ παράλληλα σημειώνεται
εντυπωσιακή στροφή στα γράμματα. Στις 5
Μαΐου 1941 η Νάξος καταλήφθηκε από τους ιταλούς που απομύζησαν τη
γεωργική και κτηνοτροφική παραγωγή, με
αποτέλεσμα να πεθάνουν από ασιτία
εκατοντάδες κατοίκων, κυρίως των ορεινών
χωριών. Τους Ιταλούς ακολούθησαν οι
Γερμανοί μετά την συνθηκολόγηση της
Ιταλίας (7 Σεπτεμβρίου 1943 ) και στις 12
Οκτωβρίου 1944 μια διμοιρία του ιερού λόχου,
που έφθασε σε όρμο του νησιού και σε
συνεργασία με τους άνδρες του ΕΑΜ και του «
Στρατιωτικού Συνδέσμου » ( που τον
αποτελούσαν μόνιμοι και έφεδροι
αξιωματικοί ) και με πολλούς άλλους
κατοίκους, πολιόρκησαν τη γερμανική δύναμη
στο κάστρο της Νάξου. Μετά τη διήμερη μάχη
οι Γερμανοί αναγκάστηκαν να παραδοθούν.